Como en el perfil típico del estudiante que proviene de áreas de ciencias médicas no hay entrenamiento en física y como física médica es un campo de especialización en esa área, se hace necesaria una nivelación de un semestre a tiempo completo, antes de comenzar con el programa de postgrado como tal. Una vez que se haya entrado en esta segunda fase, la maestría dura dos años y medio para estudiantes a tiempo completo.
El programa de maestría en física médica está orientado hacia la formación de investigadores en el área. Los estudiantes del área de ciencias médicas que siguen este programa de postgrado tienen un año y medio común con los de la especialidad si provienen de áreas de ciencias médicas. Al tener 24 créditos aprobados el estudiante deberá someter el proyecto de trabajo de grado al comité académico para su inmediata consideración y en caso de ser aprobado, proceder con el nombramiento del jurado. La estructura típica del programa para la maestría en física médica para el cursante del área de ciencias médicas se presenta en forma esquemática en lo que sigue. Para obtener más información de cada una de las asignaturas (si ella está disponible) simplemente presione sobre el recuadro correspondiente. La cantidad entre paréntesis indica el número de créditos.